環境としてはWEB ARENAのVPS上です。
CentOS 4, x86_64のようです。 64bit Linuxは/lib64なんてあるのでもうトラブルが起きないことはないってのが目に見えますが例に漏れず。
PHPは5.2.5です。

解決方法のその前に、私の環境でのconfigureオプションはこんな感じです。

./configure \
–with-apxs2=/www/bin/apxs \
–enable-pdo=shared \
–with-pdo-sqlite=shared \
–with-sqlite=shared \
–with-mysql \
–enable-mbstring \
–enable-mbregex \
–with-gd \
–with-freetype-dir \
–with-jpeg-dir \
–with-png-dir \
–with-zlib-dir \
–enable-gd-native-ttf \
–enable-gd-jis-conv \
–enable-zip \
–enable-exif \
–with-tidy \

では早速、ハマりどころ1
–with-mysql
です。 MySQLはyumでインストールしてあります。

checking for MySQL UNIX socket location… /var/lib/mysql/mysql.sock
configure: error: Cannot find libmysqlclient under /usr.
Note that the MySQL client library is not bundled anymore!

解決法はconfigureのオプションに –with-libdir=lib64 を加えるだけです。

–with-libdir=lib64 \

もちろん、これを加えることで発生するエラーももちろんあると思います。 が、それは割愛します。

もう一点。 libtidy周りですね。
これは珍しく（？）make install時にエラーが起きます。
tidy自体はconfigureで–enable-sharedをつけています。
ちと問題を再現出来なくなってしまったのでアレですが、対処法だけ。
起きるエラーは確か、libtidy.soを触ろうとして「それはライブラリじゃありません」的な内容です。
対処法は

vi /etc/ld.so.conf

で開いて

/usr/local/lib

を一行加えるだけです。

64bit環境だと必ず起きる問題だと思うのですが、常識なのか、突っ込んだことをしていないのか。
不思議。